De acordo com as últimas notícias, a relação entre Axel Witsel e a sua mulher, a modelo romena Rafaella Szabo, vai de vento em popa. Têm duas filhas em comum e costumam partilhar momentos felizes nas redes sociais. No entanto, nem sempre se viveu este clima cor de rosa entre os dois e a relação esteve muito tremida.
Em 2013, quando viviam na Rússia (o belga representava o Zenit nessa altura) estiveram separados, depois do marido a ter traído com Analicia Chaves, modelo norte-americana com ascendência cabo-verdiana, conhecida pelos vídeos escaldantes que protagoniza. No entanto, dois meses depois, Rafaella perdoou Witsel e os dois voltaram a ficar juntos, até hoje.